Anda akan bermain sebagai karakter utama dalam game ini yang sedang mencari seorang sahabat pena bernama Aya Fumino di sebuah provinsi Shimane, Jepang. Aya selalu mendukung dan memberikan semangat dalam menghadapi ujian-ujian yang anda lalui dalam suratnya. Hingga suatu ketika, di saat anda lulus sekolah, surat dari Aya tidak pernah muncul lagi.
Sudah lima belas tahun lamanya berlalu dan anda menemukan sebuah surat terakhir yang tidak pernah terkirim pada anda. Surat itu bertuliskan:
‘Aku telah membunuh seseorang. Aku harus menebusnya. Mungkin inilah perpisahan kita. Selamat tinggal.’
Apa yang telah terjadi pada Aya Fumino? Untuk dapat mengetahui keberadaan Aya, anda mengunjungi Matsue, sebuah kota tempat tinggal Aya. Namun setibanya disana, anda menemukan rumah Aya telah terbakar pada kejadian 15 tahun yang lalu. Satu-satunya kunci untuk memecahkan misteri ini adalah sebelas huruf dan foto yang ada ditangan anda.
Tujuh orang teman sekelas yang disebut dalam surat terakhir Aya menolak untuk berbicara. Apa yang menyebabkan mereka tidak mau membicarakan Aya? Rahasia apa yang mereka sembunyikan? Apa yang terjadi lima belas tahun yang lalu? Apa arti dari isi surat terakhir Aya?
Merupakan tugas anda sebagai sahabat pena-nya untuk menemukan kebenaran! Lihat juga rilis untuk Root Letter disini.